Friðlýst svæði og aðrar skráðar náttúruminjar í Skagafirði eru allmörg.
Miklavatn sunnan við Sauðárkrók er friðað votlendi með miklu fuglalífi. Vegna fuglaverndar er óheimilt að fara um svæðið frá 15. maí til 1. júlí.
Aðrar náttúruminjar í Skagafirði, skv. lista Umhverfisstofnunar, eru:
413. Orravatnsrústir á Hofsafrétt, Skagafjarðarsýslu. (1) Votlendi umhverfis Orravatn allt norður að Reyðarvatni. (2) Einstakt rústasvæði, flár og tjarnir.
414. Botn Vesturdals (Hofsárdals), Skagafjarðarsýslu. (1) Innsti hluti Vesturdals, innan Miðmundargils og gljúfrið inn af honum. (2) Sérkennilegur og gróðursæll dalur, umgirtur hömrum og snarbröttum hlíðum. Fagrir fossar í Fossá.
415. Kotagil og Skeljungssteinn, Akrahreppi, Skagafjarðarsýslu. (1) Kotagil og Skeljungssteinn, sem stendur stakur alllangt vestan þess. Gilið er á mörkum Silfrastaða og Ytri-Kota. (2) Hrikalegt, djúpt árgljúfur. Í hraunlagi í gljúfrinu, svo og í Skeljungssteini, eru för eftir trjáboli.
416. Fossar í Bólugili, Akrahreppi, Skagafjarðarsýslu. (1) Bólugil, fossaröð í Bóluá við bæinn Bólu. (2) Sérkennilegir og fagrir fossar í tilkomumiklu gljúfri nærri alfaraleið.
417. Malarásar í Sæmundarhlíð, Seyluhreppi, Staðarhreppi, Skagafjarðarsýslu. (1) Malarásar meðfram Sæmundará, milli bæjanna Fjalls og Auðna. (2) Óvenju fallegir og reglulega lagaðir malarásar auk jökulkerja. Merkar jarðsögulegar minjar um hop jökulsins í lok ísaldar.
418. Austara-Eylendið, Rípurhreppi, Viðvíkurhreppi, Skagafjarðarsýslu. (1) Óshólmasvæði Eystri-Héraðsvatna. Að austan fylgja mörk austurbakka Eystri-Héraðsvatna frá sjó suður að norðurodda Holtseyjar, en að vestan vesturjaðri mýrlendis við Ríp og síðan vesturbökkum Ásvatns og Garðsvatns og til sjávar í Garðskróki. (2) Fjölbreytt fuglalíf og gróður.
419. Ketubjörg á Skaga, Skefilsstaðahreppi, Skagafjarðarsýslu. (1) Strandlengjan frá Ketukögri suður á móts við eyðibýlið Kleif. (2) Tilkomumikil sjávarbjörg, drangar og gatklettar, leifar af eldstöð frá ísöld.
420. Drangey, Skagafjarðarsýslu. (1) Drangey ásamt Kerlingu. (2) Há, þverhnípt klettaeyja með miklum fuglabjörgum og gróskumiklum gróðri.
421. Höfðavatn og Þórðarhöfði, Hofshreppi, Skagafjarðarsýslu. (1) Höfðavatn og Þórðarhöfði við austanverðan Skagafjörð. (2) Stöðuvatn með ísöltu vatni. Fjölbreytt og auðugt lífríki.
422. Reykjarhóll á Bökkum, Fljótahreppi, Skagafjarðarsýslu. (1) Reykjarhóll og nánasta umhverfi, við samnefndan bæ. (2) Sérkennilegur, stakur, keilulaga jökulbergshóll með laug í kollinum.
423. Fjalllendið milli Skagafjarðar og Eyjafjarðar, (501), Skagafjarðarsýslu, Eyjafjarðarsýslu. (1) Hálendi milli Skagafjarðar og Eyjafjarðar norðan þjóðvegar nr. 1 á Öxnadalsheiði. Á vestanverðum skaganum eru mörk miðuð við 200 m h.y.s, mörk ná víðast í sjó fram á norðanverðum skaganum og á austanverðum skaganum eru mörk í 150-250 m h.y.s. (2) Hálendur og hrikalegur skagi með djúpum dölum, stórbrotið land. Á hæstu fjöllum eru jöklar. Um hálendið liggja fornar leiðir milli byggða.
426. Rifsnes á Skaga, Skagahreppi, A-Húnavatnssýslu. (1) Svæðið frá Landsenda (Skilnaðarhorni) að Selvíkurtanga. Til suðurs og austurs ræður þjóðvegur. (2) Fjölbreytt landslag með sjávarbjörgum, sjávarlónum, tjörnum og jökulminjum ásamt menningarminjum.
427. Ásbúðnavatn, Torfavatn og Þangskálavatn á Skaga, Skagahreppi, Skefilsstaðahreppi, A-Húnavatnssýslu, Skagafjarðarsýslu. (1) Strandlengja frá bænum Mánavík að Kelduvíkurvík ásamt sjávarlónum. (2) Sjávarlón með miklu fuglalífi.
428. Miklavatn í Fljótum, Fljótahreppi, Skagafjarðarsýslu. (1) Vatnið allt ásamt ósi. (2) Miklavatn er sérstætt náttúrufyrirbæri með greinilegri seltulagskiptingu.
